De vraag naar exclusieve knaagdieren stijgt. Daarmee stijgt ook de vraag naar bepaalde rassen knaagdieren. Fokkers van knaagdieren schieten dan ook als paddestoelen uit de grond.
Bij het fokken van gedomesticeerde dieren wordt inteelt gebruikt om gewenste uiterlijke of karaktereigenschappen te behouden en te versterken. Wanneer in een dier een eigenschap als wenselijk beschouwd wordt wordt vaak een dier dat deze eigenschap toont met een naaste verwant (vader/moeder broer/zus) gekruist om in de nakomelingen deze eigenschap terug te zien. Aangezien niet alleen de gewenste eigenschap zich manifesteert maar ook negatieve eigenschappen, is het zaak om snel een groot aantal dieren te fokken en strenge selectie uit te voeren op ongewenste eigenschappen. Deze selectie heeft dan de vorm van het uitsluiten voor verdere fok. Helaas gebeurt dit lang niet altijd en vaak openbaren zich erfelijke afwijkingen ten gevolge van deze inteelt.

Bij het fokken van een ras komt uiterlijk (de raskenmerken) altijd op de eerste plaats (anders hadden deze rassen inmiddels niet meer bestaan door spontane uitkruising) en gezondheid op de tweede.

Inmiddels is bijvoorbeeld gebleken dat in Engeland 1 op de 10 rashonden een erfelijke afwijking heeft.
Bij knaagdieren zijn erfelijke afwijkingen vooral te vinden bij gedomesticeerde dieren (cavia's, ratten, muizen, hamsters, gerbils, degoes en chinchilla's)

• Evenwichtsstoornissen; erfelijke afwijking van het evenwichtsorgaan waardoor dieren apart gaan bewegen. Bekende voorbeelden zijn de dansmuizen (deze maken allerlei vreemde sprongen en pirouetten) en de rollers (duiven die tijdens de vlucht loopings maken).
• Satijnziekte; een aandoening waarbij de satijnfactor bij cavia's (en mogelijk ook andere knaagdieren met dezelfde factor) de calciumopname verstoort, hierdoor onstaan pijnlijke gewrichten en weke botten.
• Staartloze ratten; door het ontbreken van de staart treden vervormingen van het bekken op. Hierdoor kan het meerendeel van staartloze ratten niet bevallen en zal een keizersnede toegepast moeten worden. Tevens lopen er door een rattenstaart grote aders die een belangrijke rol spelen om overtollige lichaamswarmte af te staan. Staartloze ratten lopen groter risico om oververhit te raken.
• Megacolon; een erfelijke afwijking waarbij de darmen te weinig peristaltiek vertonen en verwijden. Hierdoor krijgen de dieren ernstige darmverstoppingen en blokkades. Dit is een kleurgebonden afwijking. Veel dieren met een bles of homozygoot witte vacht lopen risico. Megacolon openbaart zich vaak al op zeer jonge leeftijd.
• Albino/wit-roodoog; roodogige dieren zijn zeer gevoelig voor fel licht. Veel van deze dieren zekeren (wiegen de kop heen en weer) om hun omgeving beter in te schatten. Ze zien erg slecht. Bovendien hebben ongepigmenteerde dieren veel meer kans op het ontwikkelen van bepaalde vormen van kanker (oa huidkanker).
• Haarloos; haren bieden bescherming van de huid, isolatie en worden gebruikt voor tast en communicatie. Haarloze dieren missen dit met alle gevolgen van dien (vergrote kans op wonden en ontstekingen, huidkanker, onderkoeling en oververhitting).
• Dumbo-mutaties; bij muizen een erfelijke afwijking, bij ratten is dit vooralsnog niet goed onderzocht maar er zijn wel aanwijzingen in de richting van een erfelijke aandoening betreffende de Pharynxbogen.
• Krulvacht (Rex-beharing); veel knaagdieren communiceren door middel van de stand van hun haren. Ze zetten deze rechtop wanneer ze geïrriteerd zijn, onzeker zijn of niet lekker in hun vel zitten. Het is een soort waarschuwing voor de anderen. Wanneer een dier met een krulvacht zijn vacht rechtop zet is dit nauwelijks te zien. Hierdoor kunnen er vervelende situaties ontstaan binnen een groep knaagdieren. Omdat de haren niet mooi glad/aansluitend liggen is er ook duidelijk sprake van verhoogde kans op huidaandoeningen.
• Langhaar; dieren met een zeer lange vacht kunnen deze niet meer zelf verzorgen. Ze zijn daarvan afhankelijk van hun baasje. Bovendien is communiceren dmv zo'n weelderige haardor uitgesloten. Lange vachten klitten snel, hierdoor krijgt de huid onder een klit te weinig zuurstof en gaan er smetplekken ontstaan. Als de klit nog langer blijft zitten kan de huid zelfs afsterven. Bij de anaalstreek blijft er vaak ontlasting en urine in zitten hiermee wordt het risico op huidontstekingen en myasis of madenziekte (vliegen leggen daar hun eitjes in en de larven vreten op een gegeven moment het dier aan) groot.

Terug naar boven